紅茶菌的主要微生物:

醋酸菌（ACETOBACTER）

木醋桿菌(Acetobacter xylinum)
擬木醋桿菌(Acetobacterxylinoides)
葡萄糖酸桿菌(Bacterium gluconicum)
產酮醋桿菌(Acetobacter ketogenum)
弱氧化醋酸菌(Acetobacter suboxydans)
葡萄糖醋酸菌(Gluconobacter liquefaciens)
醋化醋桿菌(Acetobacteraceti )
巴氏醋桿菌(Acetobacter pasteurianus)
其中最主要的是木醋桿菌

乳酸菌（LACTOBACILLI）

保加利亞乳桿菌(Lactobacterium bulagricum)

酵母菌（YEAST）

釀酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)
不顯酵母(Saccharomyces inconspicus)
路德類酵母(Saccharomycodes ludwigii)
粟酒裂殖酵母(Schizosaccharomyces pombe)
熱帶假絲酵母(Candida tropicans)
克魯斯假絲酵母(Candidacrusei)
漢遜德巴利酵母(debaryomyces hansenii)
酒香酵母(Brettanyomyces)
克勒克酵母(Kloeckera)
拜耳接合酵母(Zygosaccharomyces bailii))